La celebración por la derrota de A.L.I.E. dura poco cuando Clarke revela que dentro seis meses las plantas nucleares restantes estarán a punto de colapsar y por ende la explosión exterminaría la vida en el planeta, siendo este evento conocido como Praimfaya. Mientras tanto, la Nación de Hielo busca tomar Polis y exterminar a los habitantes de Arkadia ya que cree que ellos son los responsables de la destrucción causada por A.L.I.E. Clarke y los otros buscan maneras de sobrevivir a la ola de radiación. Tras descubrir que los Sangre Oscura (descendientes de Beca, la creadora de A.L.I.E) pueden metabolizar la radiación con mayor eficacia, los Skaikru intentan crear un suero que le permitiría sobrevivir a todos, pero fallan. Encuentran un búnker que podría contener 1200 personas por 5 años. Cada uno de los 12 clanes eligen a aquellos que permanecerán en el búnker. Un pequeño grupo vuelve a lo que queda del Arca. Seis años y siete días después de Praimfaya, Clarke y una niña, llamada Madi, se convierten en las únicas sobrevivientes, quienes son testigos de la llegada de una nave a la Tierra bajo el nombre Corporación Eligius.